Localizado às margens do rio Fortaleza, o município de Seberi teve sua história iniciada pelos indígenas da tribo Kaingang, até a chegada de luso-brasileiros, vindos de São Paulo, por volta do século XVII, que ocuparam o local e plantaram as primeiras roças nos campos. Com a perda da força dessa ocupação, em função da necessidade da abertura de clareiras e picadas na mata densa, foi a vez dos descendentes de imigrantes italianos e alemães, vindos das antigas colônias do Rio Grande do Sul, buscarem nas terras seberienses um local para morar e praticar a agricultura.
Nesse contexto, o Rio Grande do Sul passava por conflitos políticos e bélicos, na Revolução Federalista e na Revolução de 23. Por isso, a mata fechada da região do Médio Alto Uruguai servia de abrigo para combatentes e fugitivos políticos, assim como saqueadores e ladrões que escondiam-se na mata e atacavam pequenas propriedades locais para conseguir seus suprimentos. Esse aspecto fez com que a insegurança inibisse qualquer iniciativa empreendedora dos colonos na área da floresta.
Mesmo assim, alguns agricultores persistiram em permanecer no local, trabalhando especialmente com plantações de trigo. A localidade passou a ser conhecida como Boca da Picada, em função das picadas abertas em meio a mata nativa. O local continuou crescendo com o número de pessoas que se instalaram pela região, muitos interessados pelo rio Fortaleza, que banha a cidade. Sem demora, o local passa a ser conhecido como Fortaleza.
Em 30 de janeiro de 1959 a localidade passa à categoria de município com a denominação de Seberi, pela Lei Estadual n° 3.696, se desmembrando do município de Palmeira das Missões.
